Počátek dějin Vojenské nemocnice v Brně je přímo spjat s historií premonstrátského kláštera, jehož základy byly položeny na zábrdovickém břehu Svitavy počátkem 13. století. Roku 1209 se připomíná papežská listina Innocence III., která přiznává klášteru jeho statky, darované zakladatelem kláštera, moravským soudcem Lvem z Klobouk. V roce 1211 se premonstráti dočkali vysvěcení prozatímního kostela sv. Kunhuty. Během dalších staletí své existence klášter střídavě procházel obdobími rozvoje i katastrof, zpravidla zaviněných válečnými událostmi. Poprvé byl vypálen již v roku 1241 při tatarském vpádu, takřka do základů byl zničen roku 1423 za husitských válek. České stavovské povstání znamenalo pro klášter konfiskaci jeho statků (1619) a zpustošení celého areálu. K poslednímu velkému ničení došlo v roce 1645, kdy budovy kláštera sloužily jako úkryt Švédům, obléhajícím Brno. Nejlépe se klášteru dařilo na přelomu 17. a 18. století. Nad střechy zcela přebudovaného klášterního komplexu se zvedla stavba velkoryse pojatého barokního chrámu Nanebevzetí Panny Marie (1661 - 1671, architekt Giovanni Pietro Tencalla ).

3. září 1783 navštívil zábrdovický klášter císař Josef II. se svou suitou, aby se přesvědčil, zda by sídlo premonstrátů nebylo vhodným útočištěm pro vojenskou nemocnici. Stávající městský špitál sv. Štěpána na Křenové ulici ani právě zrušený klášter sv. Anny tomuto účelu nevyhovovaly, což osud kláštera v Zábrdovicích zpečetilo definitivně. Premonstrátský klášter byl 24. července 1784 zrušen a 4. září téhož roku prohlášen vojenskou nemocnicí. Následující mnohaleté úpravy vnitřních prostorů měly na zřeteli přizpůsobení areálu jeho novému účelu, mnohdy však s rozporuplným výsledkem a za cenu poškození či zničení mnoha uměleckých památek. Tento stav trval až do roku 1918.

Počátkem sedmdesátých let 18. století byl interiér kostela upraven do dnešní podoby podle návrhu Františka Antonína Grimma. Klášter disponoval velkou knihovnou, kvetla zde filozofická a teologická studia, klášter prosperoval i po stránce hospodářské. Z dobových interiérů se uchoval kapitulní sál bývalé prelatury, jehož freskovou výzdobu provedl Josef Jan Winterhalter (1743 - 1807 ). Nástropní freska zobrazuje výjevy ze života Josefa Egyptského, jsou uspořádány do věnce, v jehož stredu se na oblaku vznáší Matka Boží. Květinová výzdoba stěn je připisována holandskému malíři Janu van Huijsumovi

28. října 1918 přešla nemocnice pod správu československé branné moci. Prvním velitelem byl jmenován plukovní lékař MuDr. Katolický, který brzy předal velení posádkové nemocnice vrchnímu štábnímu lékaři MuDr. Františku Czesanému. Areál v Zábrdovicích (s chirurgickým a uzavřeným oddělením) nebyl v té době jedinou vojenskou nemocnicí v Brně. Druhou nemocnicí se samostatným velením byla Záložní nemocnice ve Střelecké ulici oddělením vnitřním, ušním a očním (velitel Dr. Schneider). Konečně Třetím zařízením byla Zeměbranecká nemocnice na Žlutém kopci (velitel Dr. Richter).

Když byla Zeměbranecká nemocnice předána zemi Moravské, byly Posádková a Záložní nemocnice sloučeny v Divizní nemocnici 6 s jedním velitelem. Pracoviště ve Střelecké ulici obdrželo statut "odbočky". Divizní nemocnice 6 byla původně tvořena jen budovami soustředěnými kolem čtvercového nádvoří. Na místě dnešního pavilonu 2 stála jednopatrová budova, na niž navazovala budova laboratoří. Bakteriologická laboratoř byla v činnosti již od roku 1919, po roce 1922 byly zřízeny laboratoře chemická, sérologická histologická. V meziválečném období byla postavena nemocniční budova č. 3 (1936), vystavěn nový operační sál, "velká budova" (1937, nynější Správa budov) a vedlejší budova pro stomatologii. Od 1. ledna 1937 byl změněn název nemocnice na Sborová nemocnice č. 6 .

V letech 1939 - 1945 sloužila nemocnice wermachtu. Od dubna do 15. září 1945 se zde nacházel ruský polní lazaret. Pro potřeby nově se formující československé armády byla od 17. května 1945 zajištěna dočasná vojenská nemocnice v budově nemocniční pojišťovny Na vyhlídce. Všechna její oddělení se však do konce roku 1946 vrátila zpět do Zábrdovic.

Růst nemocničních výkonů byl limitován nedostatkem vhodných prostor. Ačkoliv se již od roku 1947 uvažovalo o výstavbě nového nemocničního komplexu ve výhodnější lokalitě (Královo Pole, Kraví hora), byla nakonec nová třípatrová budova postavena ve stávajícím areálu (1950). I následující léta byla ve znamení intenzivní stavební činnosti, oprav a rekonstrukcí. V roce 1964 začala generální oprava staré klášterní budovy, roku 1975 byla stará budova přeměněna na polikliniku, 2.listopadu 1977 byla zahájena komplikovaná generální oprava budovy z roku 1947. Současně se diskutovalo o celkové rekonstrukci nemocnice.
Osobností, která v poválečném období nejvíce ovlivnila činnost Vojenské nemocnice Brno, je plukovník ve výslužbě MUDr. Miroslav Nešpůrek, CSc., narozen 15. 2. 1922. Životní příběh ivančického rodáka je ojedinělý od samého začátku. Největší měrou je však spjatý s naší nemocnicí, kde působil od roku 1952 do doku 1979. Z nastoupivšího sekundáře se zanedlouho stal zástupce náčelníka a následně náčelník zdejšího chirurgického oddělení. V průběhu několika let se mu podařilo vybudovat špičkové pracoviště se zaměřením na traumatologii a cévní, hrudní a břišní chirurgii. Specializací se primáři Nešpůrkovi stalo ošetření jater a slinivky břišní. Byl prvním chirurgem z tehdejšího Československa, který začal úspěšně operovat oba orgány. O této problematice publikoval bezmála třicet vědeckých prací, přičemž některé z nich jsou odbornou veřejností citovány dodnes. Oblast chirurgie, obzvlášť válečná, doznala pod jeho vedením obrovský skok. Nepochybně k tomu přispělo i jeho jednoleté působení na Korejském poloostrově v době korejské války (1950 až 1953).

Miroslav Nešpůrek je živoucí legendou pro stávající lékařský a zdravotnický personál naší nemocnice a takováto osobnost si zaslouží naše uznání.

Roku 1992 byla postavena budova ředitelství, modernizovány inženýrské sítě, pokračovaly rekonstrukce. Od 1. 7. 1994 je Vojenská nemocnice Brno příspěvkovou organizací. Jejím zřizovatelem je sekce správy majetku Ministerstva obrany ČR. Jejím základním posláním je poskytovat vysoce kvalifikovanou preventivní a léčební péči příslušníkům armády České republiky a armád NATO na jejím spádovém území.

Podílí se rovněž na výchově zdravotnických pracovníků pro potřeby polní zdravotnické služby, čímž přispívá k udržování obranyschopnosti ČR. Současně je zapojena do systému veřejného zdravotnictví a poskytuje širokou škálu zdravotních služeb a léčební péče civilnímu obyvatelstvu ve vymezené spádové oblasti.
V roce 1999 byla citlivě opravena historická barokní fasáda v Lazaretní ulici, roky 2000 a 2001 probíhají ve znamení důsledné revitalizace historických částí areálu. Historický kostelík sv. Kunhuty byl rekonstrukcí přeměněn v nemocniční lékárnu.